ほとんどの海上保安官は、大学校・学校を卒業後巡視船艇に配属されます。

その後は、本人の希望と適性等に応じて陸上勤務と船艇勤務を繰り返していきます。

海上保安学校の情報システム課程を卒業し海上交通業務の道に進んだ者は、主に海上交通業務において、海洋科学課程を卒業した者は、海洋情報業務で活躍します。

海上保安学校卒業者等を対象とした将来の幹部候補生を養成する登用制度です。在職年数や資格等の基準を満たしている職員を、試験により選抜し、初級幹部として必要な素養を身につけます。

▲特修科

海上保安大学校専攻科修了者で在学中に操縦要員に選抜された者は飛行機要員として、また、海上保安学校航空課程卒業者は、ヘリコプター要員と飛行機要員に分かれて、航空機の操縦に関する知識・技能を修得するための研修を受けます。

このほか、航空機の整備に関する研修もあり、海上保安大学校専攻科修了者及び海上保安学校卒業者（航空課程卒業者を除く）のうち、選抜された者が研修を受けます。

船舶の転覆や沈没等の海難事故が発生した場合に、転覆船舶等からの救出や漂流者の救助等にあたる潜水士を養成する研修です。約2か月にわたる訓練・研修において、転覆船内での救助活動やヘリコプターとの連携を想定した訓練等を行い、必要な潜水技術を身につけます。

海難の現場や病院への搬送中に高度な救急救命処置を実施できる救急救命士（国家資格）を養成しています。潜水研修を終えた潜水士から選抜されます。

外国人犯罪の捜査を行うためには外国語が不可欠になります。海上保安庁では現場での捜査において必要な中国語、ロシア語及び韓国語のプロフェッショナルを養成しており、これらの者は、国際捜査官等として犯罪捜査等の業務に従事します。