海上保安庁では、地震発生直後から本庁と第二管区海上保安本部（宮城県）に地震災害対策本部を設置して、巡視船艇・航空機により、新潟県北部、東北地方沿岸及び港湾等の被害状況の調査を実施するとともに地震の発生を付近航行船舶に連絡するための航行警報を発出しました。また、隣接管区から巡視船や航空機を派遣するとともに、特殊救難隊や機動防除隊を出動させ、岩手・宮城県の要請に基づき、孤立した住民の救出、食料、災害救助犬及び市職員等の災害対応人員の輸送など、巡視船艇のべ30隻、航空機のべ49機、特殊救難隊のべ2隊、機動防除隊1隊等により災害応急活動を実施しました。