今回の震災では、海上保安庁の事務所等が被災地の主要港湾に立地しているため、船艇・航空機や施設も甚大な被害を受け、いくつかの海上保安部署や仙台航空基地では業務執行が困難な状態になりました。
海上保安庁では、直ちに、本庁、各管区海上保安本部から第二管区海上保安本部に対して、船艇・航空機や要員の応援派遣、物資の搬送などの必要な支援を行いました。
また、壊滅的な被害を受けた釡石海上保安部、宮古、石巻、気仙沼の各海上保安署では、迅速な業務機能の回復に努め、4月下旬までに仮庁舎を確保して移転し、業務にあたりました。