航行安全課では、主に以下の業務を担当しています。
・船舶交通の障害の除去を行っています。
・海上保安庁以外の者で船舶交通に対する障害の除去又は海域にある爆発物件等の引揚げ若しくは解撤を行うものの監督に関することを行っています。
・航法及び船舶交通に関する信号に関することを行っています。
・港則に関することを行っています。
・船舶交通がふくそうする海域における船舶交通の安全の確保に関することを行っています。
・船舶交通の安全のために必要な事項の通報に関することを行っています。
・船舶通航信号所の整備計画及び運用に関することを行っています。