海上保安庁は、いわゆる危機管理官庁として、領海警備事案、不審船事案及び各種テロ事案等の対応といった海上における治安の維持、海難救助、自然災害への対応等、様々な業務にあたっています。
危機管理官では、このうち、重大な被害が発生しまたは予想される緊急事態への対処や未然防止に関する事務の総括を行っています。
具体的には、平常時においては、緊急事態の発生に備えた計画（国民保護計画、新型インフルエンザ対策計画、業務継続計画）等の策定に関する庁内の総合調整や関係機関との調整、事案対応のための訓練等の調整を行っており、また、緊急事態が発生した場合においては、対策本部を設置するなど、庁内の全体総括として各種対応のとりまとめ等を行っています。
さらに、海上保安庁では、「国際連合平和維持活動等に対する協力に関する法律」に基づき、本来任務に支障を生じない限度において、海上保安庁の船舶又は航空機等の派遣等により、国際平和協力業務に協力していくこととしています。実際には、これまでに現地で活動したことはありませんが、この業務に関する事務の総括も行っています。
