国際海事機関（ＩＭＯ）は，主として海上における船舶の安全確保及び海洋環境の保護のための政府間協議・協力を促進することを目的とする国連専門機関であり，ロンドンに事務局が置かれている。
　海上保安庁は，海上安全委員会（ＭＳＣ），海洋環境保護委員会（ＭＥＰＣ）の各委員会，無線通信捜索救助小委員会（ＣＯＭＳＡＲ），航行安全小委員会（ＮＡＶ），ばら積み液体及びガス小委員会（ＢＬＧ）の各小委員会及びロンドン条約締約国協議会議（ＬＣ）等に専門家を出席させている。
　８年度には，ＳＡＲ条約，ＳＯＬＡＳ74条約及びＯＰＲＣ条約の見直しに関する作業に参加した。

　国際水路機関（ＩＨＯ）は，航海の安全のために各国の水路関係機関の活動の協調を図り，水路図誌の統一，水路技術の向上等を目的とする国際機関であり，モナコにその事務局たる国際水路局（ＩＨＢ）が置かれている。
　海上保安庁は，国際海図の刊行，世界航行警報業務等の活動や電子海図の表示システム，データベースに関する委員会等に専門家を出席させている。
　９年４月には，モナコで開催された第15回国際水路会議に出席し，海図の著作権，21世紀におけるＩＨＯの役割等に関する討議に参加した。

　コスパス・サーサットは，捜索及び救助のために打ち上げられた人工衛星（コスパス衛星及びサーサット衛星）を用いたシステムを運用するために設置された国際機関であり，ロンドンに事務局が置かれている。
　我が国は，システムの地上部分の提供国となっており，海上保安庁は，新技術の導入等に的確に対応するため，コスパス・サーサット理事会（ＣＳＣ）及び合同委員会（ＪＣ）に専門家を出席させている。

　政府間海洋学委員会（ＩＯＣ）は，国際連合教育科学文化機関（ＵＮＥＳＣＯ）の中に設けられており，加盟国の共同活動を通じて海洋の自然現象及び資源に関する知識の増進を図るため，各種の国際的な海洋調査・研究，海洋汚染監視，海洋資料交換，教育・訓練及び相互援助等の事業を行っている。
　海上保安庁の日本海洋データセンターでは，我が国におけるＩＯＣ刊行物・文書保管センター業務を実施するとともに，ＩＯＣの依頼により，西太平洋海域共同調査（ＷＥＳＴＰＡＣ）実施海域内の各国海洋関係機関の職員を対象に，海洋データ管理研修を57年度から毎年実施している。　

　国連経済社会理事会の機能委員会の１つで麻薬等の国際統制に関する意思決定の中心機関であるＣＮＤ及び薬物関係国際条約の適正な実施を確保し国際薬物統制における指導的役割を担っているＵＮＤＣＰにおいて，薬物対策に関する国際協力促進のための方策が検討されてきている。